تحوي مكتبات جامعة النجاح الوطنية مجموعة كبيرة من المخطوطات القديمة الهامة التي تم جمعها من البيوت النابلسية العريقة التي تميزت بعلمائها وادبائها وشعرائها المشهورين، وقد قامت الجامعة بترميم هذه المخطوطات للحفاظ على هذه الثروة العلمية الهامة من التلف والاندثار.
وقد شملت المجموعة كذلك بعض المخطوطات التي وصلت من مساجد يافا وعكا الجزار وغيرها، والتي تم تحقيق بعضها من قبل أساتذة الجامعة وتعرض على موقع الجامعة الإلكتروني للتعرف على هذا التراث العلمي النادر والفريد وإتاحة الفرصة بالقيام بتحقيقها.